Este listado incluye los efectos secundarios más comunes, pero no es exhaustivo y periódicamente se describen nuevos que iremos añadiendo.
Diarrea
Náuseas y vómitos
Fatiga, sensación de cansancio
Exantema cutáneo
Piel seca
Pérdida de pelo
Problemas en uñas
Hombro congelado
Problemas sexuales
Insomnio
Cambios de humor, ansiedad, mareos, alteraciones del sueño (efavirenz)
Neuropatía periférica
Toxicidad hepática y exantema cutáneo (nevirapina)
Acidosis láctica, pancreatitis e hígado graso
Reacción de hipersensibilidad (abacavir)
Toxicidad renal
Aumento de bilirrubina, ictericia
Reacciones en el punto de inyección y otros efectos (T-20)
Lipodistrofia y cambios metabólicos
Enfermedad cardíaca
Cambios en la densidad mineral ósea